Tanzimat aydınları Türk milliyetçiliği fikrinin ortaya çıkmasıyla birlikte Çağatay Türkçesini de Türk dilinin asıl edebî dili olarak görmeğe başlamışlardır. Tanzimat aydınları içinde Suavi, Ahmed Vefik Paşa, Ahmet Midhat Efendi ve Şemseddin Sâmi'nin bu kapsamda ilginç görüşleri bulunmaktadır. Bu dönemde Orhun kitâbeleri ve Uygur metinleri gibi Eski Türkçe dil yadigârları henüz gün yüzüne çıkmamıştır. Yeni yayımlanan Kutadgu Bilig’in muhtevası ve dil özellikleri de yeterince bilinmemektedir. Tanzimat aydınları batılı Türkologların Çağatay Türkçesine yönelik yayınlarının ve bilhassa Á. Vámbéry’nin Çağatay Türkçesi ile ilgili görüşlerinin yoğun tesiri altında kalmışlardır. Bu etkilenme sonucunda Türklerin asıl vatanının Orta Asya olduğunu öğrenmişler, orada kullanılmakta olan Türkçenin de asıl Türk dili olduğuna kanaat getirmişlerdir. Çünkü onların nazarında her dilin bir tek asıl vatanı vardır ve bir dilin en doğru şekli de asıl vatanında kullanılır. Buna göre Türkçenin asıl vatanı da Orta Asya’dır. Ancak Çağatay Türkçesi kendi vatanında, yani Türkistan'da, ceditçi aydınların, eskiden kalma bir dil olduğu, konuşma diliyle uyum sağlamadığı gibi tezlerle dışlanmağa çalışılmıştır. Abdurrauf Fıtrat, Abdülhamid Süleyman [Çolpan] gibi milliyetçi aydınların öncülüğünde oluşturulan “Çağatay Birliği” adlı karşı hareketin gayretlerine rağmen, yazı dili ile konuşma dili arasındaki farkların kaldırılması, yazı dilinin mahallî unsurlara dayanması gerektiği görüşünün hâkim olması sonucunda, Çağatay Türkçesi yerini Özbek ve Yeni Uygur Türkçeleri gibi birkaç yeni şiveye bırakmıştır.

Tanzimat intellectuals, with the emergence of the idea of Turkish nationalism, also began to see Chagatai Turkish as the main literary language of Turkish language. As the Tanzimat intellectuals, Ali Suavi, Ahmed Vefik Paşa, Ahmed Midhat Efendi and Şemseddin Sami have interesting opinions in this context. During this period, the Orkhon inscriptions and Uighurs texts Old Turkish linguistic heritage has yet to face the day. Kutadgu Bilig newly released features of the content and language are not known enough. Tanzimat intellectuals Chagatai Turkish publications of the western Turcologist and especially Vambery's opinion about Chagatai Turkish were under the heavy influence. As a result of this influence it is learned that the Central Asia is the original homeland of the Turks, and Turkish which is used there is also the original Turkish language. Because in the sight of them every language has one original homeland and it can be used there in the most correct way. According to this, the original homeland of Turkish is Central Asia. However, Chagatai Turkish was tried to be excluded by ceditçi intellectuals in its homeland (Turkestan) because of the thesis like it is an ancient language and it is not in accord with the spoken language. Despite the effort of the opposed action "Chagatay Union" which is created under the leadership of nationalist intellectuals like Abdurrauf Fitrat, Abdul Hamid Suleiman [Çolpan], in consequence of the opinions that the removal of the difference between the written language and spoken language are needed and the written language should be based on local elements, Chagatai Turkish gave its place to a few new dialects such as Uzbek and New Uygur